本研究会は、昭和３７年度に設立されました。昭和３６年、東京都教育委員会から、「近々文部省教研集会が全国規模で実施されるので、都でも未だ結成されていない特別教育活動研究会を作って欲しい」との話がありました。そこで、翌年の昭和３７年に「東京都特別教育活動研究会設立準備会」が設立され、昭和３７年１２月「東京都中学校特別教育活動研究会」は正式に発足されました。
　その後、昭和４２年の教育課程の改訂により、「特別教育活動」は「特別活動」となり、令和４年度に創立６０周年を迎え、現在に至ります。現在も、東京都教職員研修センター教育研究普及事業研究団体として、中学校特別活動の普及に努めています。